La reportera del Daily Planet, Lois Lane, recibe una misión para investigar el descubrimiento de una nave exploradora kriptoniana en el Ártico canadiense. Clark entra en la nave disfrazado de trabajador y se entera por su inteligencia artificial (IA), inspirada en su padre Jor-El, que Clark fue enviado a la Tierra para guiar a su gente. Mientras sigue a Clark, Lois activa inadvertidamente el sistema de seguridad de la nave y él usa sus poderes para rescatar a Lois de sus defensas. Lleva un uniforme proporcionado por la IA de la nave y comienza a probar sus habilidades de vuelo. Incapaz de convencer al supervisor Perry White de publicar un artículo sobre el incidente, Lois rastrea a Clark en Smallville, con la intención de exponerlo. Sin embargo, Lois abandona la historia al enterarse del sacrificio de Jonathan Kent, manteniendo a salvo la identidad de Clark pero alimentando las sospechas de Perry.

Zod y su tripulación escapan de la Zona Fantasma, donde fueron encarcelados por traición por sus acciones contra Krypton. Viajan a la Tierra para convertirla en un nuevo Kriptón, y poseen varios dispositivos de terraformación rescatados de los puestos de avanzada kriptonianos. Tras la captura de Clark y Lois, el oficial científico de Zod, Jax-Ur, extrae los genes de Clark para crear colonos kriptonianos que construirán una sociedad basada en los ideales de pureza genética de Zod. Utilizando la IA de Jor-El para apoderarse de la nave, Clark y Lois huyen y advierten al ejército estadounidense del plan de Zod, lo que resulta en una confrontación explosiva entre Clark y las tropas de Zod.

Zod despliega su dispositivo de terraformación más poderoso, el Motor Mundial, que daña gravemente a Metrópolis y pone en riesgo la existencia de la humanidad. Con el nombre en clave “Superman”, Clark destruye la plataforma de terraformación mientras el ejército lanza un ataque suicida, enviando a las tropas de Zod de regreso a la Zona Fantasma. Con la nave destruida y la única esperanza de resurgimiento de Kriptón desaparecida, Zod jura destruir la Tierra y sus habitantes como venganza. Los dos kriptonianos se enfrentan en una larga batalla por toda Metrópolis, que concluye cuando Clark se ve obligado a matar a Zod mientras ataca a una familia en una estación de tren. Clark adopta el apodo de “Superman” y convence al gobierno de que le deje actuar de forma independiente, con la condición de que no se vuelva contra la humanidad. Para obtener acceso encubierto a situaciones peligrosas, acepta un trabajo bajo su identidad civil, Clark, como reportero independiente para el Daily Planet.

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