“Ratatouille 2” retoma la historia varios años después de los acontecimientos de la película original. Remy, ahora el célebre jefe de cocina de La Ratatouille, ha convertido el otrora humilde bistró parisino en un destino culinario de renombre mundial. Linguini y Colette están felizmente casados, y su pequeña hija, Amélie, está empezando a mostrar un talento temprano para la cocina.
La historia comienza cuando una cadena de restaurantes rival, La Révolution, abre al otro lado de la calle, amenazando el éxito de La Ratatouille. La cadena está respaldada por el misterioso y solitario chef Auguste, quien se revela que fue el aprendiz perdido de Gusteau hace mucho tiempo. Auguste está decidido a recuperar el legado de su mentor por todos los medios necesarios, incluido el sabotaje al restaurante de Remy.

Mientras tanto, surge un nuevo desafío para Remy cuando una rata más joven y ambiciosa llamada Marcel llega a París, soñando con convertirse en chef. Marcel idolatra a Remy, pero rápidamente se frustra por su incapacidad para igualar el genio culinario de Remy. En un intento por demostrar su valía, Marcel hace un trato con Auguste, sin saber sus verdaderas intenciones.
La tensión aumenta cuando las acciones imprudentes de Marcel llevan a un inspector de salud a cerrar La Ratatouille, lo que hace que Remy se pregunte si estuvo bien seguir su sueño en el mundo humano. Mientras Remy contempla la posibilidad de rendirse, Linguini y Colette le recuerdan el impacto que ha tenido en sus vidas y en el mundo culinario.

En el enfrentamiento culminante, Remy y Marcel deben trabajar juntos para crear el plato definitivo para recuperar la reputación del restaurante y exponer la traición de Auguste. El plato, una fusión del clásico ratatouille de Remy y las técnicas innovadoras de Marcel, sorprende a todos, incluido Auguste, que se da cuenta de que cocinar es una cuestión de pasión y creatividad, no de rivalidad.
La película termina con Remy como mentor de Marcel, transmitiendo su conocimiento a la siguiente generación, mientras La Ratatouille vuelve a abrir con un éxito aún mayor.